本所内设机构10个。其中：

一、 职能管理机构4个：
　　1、 综合处（下设离退休管理科和保卫科）
　　2、 科研管理处
　　3、 科技开发处
　　4、 计划财务处（下设财务科）

二、 研究室3个：
　　1、 病毒病研究室（含农业部重点实验室）
　　2、 家畜寄生虫病研究室
　　3、 家畜传染病研究室

三、 经营部门1个：市场部

四、 生产部门1个：疫苗中试车间

五、 公司1个：铁越商贸有限责任公司

各部门介绍：

一、 职能部门（四个）
　　1、 综合处（下设保卫科、老干部科）
　　　　主要负责人事、劳动工资、党务、监察、统战、基建、综合治理、文秘、离退休人员管理、人事档案和科技档案管理等工作。承办所领导交办的其他临时性工作。

　　2、 科研管理处
　　　　主要负责科研计划项目、成果、外事、人才培养、出国、图书、情报、《中国兽医科技》编辑工作的管理、网络工作管理。承办所领导交办的其他临时性工作。

　　3、科技开发处（下设产品经销服务部）
　　　　主要负责新产品的开发、推广、销售工作，负责本所自主经营的公司或实体、消毒剂厂等的行政管理工作。承办所领导交办的其他临时性工作。

　　4、 计划财务处（下设财务科）主要负责国有资产管理、本所科研、开发、生产等所需物品的计划、供应、基本建设、动物场等工作。承办所领导交办的其他临时性工作。

二、 研究室（三个）

　　1、家畜病毒病研究室（含农业部重点实验室）
　　主要承担“973”、农业部畜牧高新技术及产业化、甘肃省自然科学基金、及所基金项目的研究。主要从事病毒基因组及其编码蛋白一级结构与功能研究、病毒免疫基因及其编码蛋白结构与功能研究、病毒持续感染机理研究、病毒分子遗传衍化关系的研究、口蹄疫疫情检测和种毒库的构建、口蹄疫病毒非结构蛋白感染和免疫动物的鉴别技术、口蹄疫自然感染动物与免疫动物鉴别技术、口蹄疫疫情检测和种毒库的构建等研究。负责本所电镜的维护，保养及管理工作。

　　2、家畜传染病研究室
　　主要承担甘肃省攻关、所长基金等项目的研究。主要从事规模化猪场疑难病检测、肉牛规模化养殖牛年末病监测、甘肃集约化猪场疫病综合防治和疫苗开发等研究。

　　3、家畜寄生虫病研究室
　　主要承担国家攻关、“973”、国家自然科学基金、甘肃省攻关、中华农业科教基金、欧盟项目、国际基金、甘肃省自然科学基金、所长基金等项目的研究。主要从事长江中下游分洪区畜牧业机构调整、洪灾对畜禽病虫害流行态势的影响用防治对策、细菌、寄生虫重要功能基因及其编码蛋白结构与功能、我国新发现的两种牛泰勒虫的生物学特性及分类学、严重危害中国绵羊、山羊的泰勒虫裂殖子抗原分子和免疫学特性及其在诊断和疫苗研制中的应用、加畜牛皮蝇蛐病控制措施的改进和诊断方法的研制、细粒棘球绦虫分子遗传学研究、羊泰勒虫分子分类学等研究。制备弓形虫诊断试剂。

三、 市场部

四、 主要负责“五号”病疫苗、推广、销售及追回销售款等工作。